分子生物學(xué)
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分子生物學(xué)是對生物在分子層次上的研究。這是一門生物學(xué)和化學(xué)之間跨學(xué)科的研究,其研究領(lǐng)域涵蓋了遺傳學(xué)、生物化學(xué)和生物物理學(xué)等學(xué)科。分子生物學(xué)主要致力于對細(xì)胞中不同系統(tǒng)之間相互作用的理解,包括DNA,RNA和蛋白質(zhì)生物合成之間的關(guān)系以及了解它們之間的相互作用是如何被調(diào)控的。
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歷史
在1930年代,由于許多生物化學(xué)家發(fā)現(xiàn)細(xì)胞內(nèi)的許多分子參與了各種復(fù)雜的化學(xué)反應(yīng),分子生物學(xué)由此逐步建立。但直到1938年“分子生物學(xué)”一詞才由瓦倫·韋弗(Warren Weaver)提出(也有人認(rèn)為“分子生物學(xué)”一詞最早于1945年威廉·阿斯特伯里(William Astbury)首先在Harvey Lecture上應(yīng)用的[1])。瓦倫是當(dāng)時(shí)洛克斐勒基金會(huì)自然科學(xué)方面的主持人,他相信由于在X射線晶體學(xué)等方面的發(fā)展,生物學(xué)正在進(jìn)入一個(gè)大的轉(zhuǎn)變期,他也因此將基金會(huì)的資金用于資助生物領(lǐng)域的研究。
與其他“分子尺度”生物科學(xué)的關(guān)系
分子生物學(xué)的研究者們不僅應(yīng)用分子生物學(xué)特有的技術(shù)(參見本條目中“技術(shù)”一節(jié)),而且越來越多地從遺傳學(xué)、生物化學(xué)和生物物理學(xué)的技術(shù)和思路中獲得啟迪,綜合利用。因此,這些學(xué)科間越來越多地相互融合,不再有明確的分界線。左圖抽象地展示了對相關(guān)領(lǐng)域之間的相互關(guān)系一種可能的闡釋:
- “生物化學(xué)”主要研究化學(xué)物質(zhì)在生物體關(guān)鍵的生命進(jìn)程中的作用。
- “遺傳學(xué)”主要研究生物體間遺傳差異的影響。這些影響常常可以通過研究正常遺傳組分(如基因)的缺失來推斷,如研究缺少了一個(gè)或多個(gè)正常功能性遺傳組分的突變體與正常表現(xiàn)型(又稱為“野生型”)之間的關(guān)系。遺傳相互作用(如異位顯性)經(jīng)常會(huì)使像基因敲除這類研究的結(jié)果難以解釋。
- “分子生物學(xué)”則主要研究遺傳物質(zhì)的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和翻譯進(jìn)程中的分子基礎(chǔ)。分子生物學(xué)的中心法則認(rèn)為“DNA制造RNA,RNA制造蛋白質(zhì),蛋白質(zhì)反過來協(xié)助前兩項(xiàng)流程,并協(xié)助DNA自我復(fù)制”;雖然這一描述對分子生物學(xué)所涵蓋的內(nèi)容過于簡單化(特別是RNA的新功能仍在不斷發(fā)現(xiàn)中),但仍不失為了解這一領(lǐng)域的很好的起點(diǎn)。
在分子生物學(xué)中大量工作是定量的,而且最近的許多研究工作是在結(jié)合生物信息學(xué)和計(jì)算生物學(xué)的基礎(chǔ)之上完成的。從本世紀(jì)(二十一世紀(jì))開始,研究基因結(jié)構(gòu)和功能的分子遺傳學(xué)已經(jīng)成為分子生物學(xué)中發(fā)展最快的領(lǐng)域之一。
越來越多的學(xué)科已經(jīng)將目光集中到分子水平的研究中,一方面直接研究相關(guān)分子間相互作用,如細(xì)胞生物學(xué)和發(fā)育生物學(xué);另一方面利用分子生物學(xué)技術(shù)來研究并推測群體和物種的歷史貢獻(xiàn)(非直接,遺傳水平),如進(jìn)化生物學(xué)領(lǐng)域中的群體遺傳學(xué)和系統(tǒng)發(fā)生學(xué)。此外,生物物理學(xué)一直都有從頭研究生物分子的傳統(tǒng)。
技術(shù)
從1950年代晚期和1960年代早期開始,分子生物學(xué)家已經(jīng)開始學(xué)習(xí)鑒定、提純和處理細(xì)胞和生物體的分子組分。這些組分包括:DNA,遺傳信息的攜帶者;RNA,作為DNA的“近親”,既可以是DNA的臨時(shí)“工作拷貝”,又可以發(fā)揮結(jié)構(gòu)分子和酶功能,同時(shí)還是蛋白質(zhì)翻譯的結(jié)構(gòu)和功能元件;蛋白質(zhì),細(xì)胞中的主要的結(jié)構(gòu)分子和酶分子。
克隆表達(dá)
分子生物學(xué)中最基本的技術(shù)是蛋白質(zhì)的表達(dá)和純化。首先是編碼目的蛋白的DNA序列被克隆(用PCR技術(shù)和限制性內(nèi)切酶)到作為表達(dá)載體的質(zhì)粒中。隨后構(gòu)建好的質(zhì)粒被引入到宿主細(xì)胞。編碼序列在質(zhì)粒上的特殊的啟動(dòng)子元件的驅(qū)動(dòng)下,被宿主細(xì)胞的表達(dá)系統(tǒng)所表達(dá)。質(zhì)粒上通常還帶有抗生素抗性標(biāo)簽以便于質(zhì)粒篩選。[2]
質(zhì)??梢员徊迦氲?a href="/w/%E7%BB%86%E8%8F%8C" title="細(xì)菌">細(xì)菌或動(dòng)物細(xì)胞。外源DNA被引入細(xì)菌被稱為轉(zhuǎn)化,可以通過電穿孔法、微注射法、正吸收和融合來實(shí)現(xiàn);外源DNA被引入真核細(xì)胞,如動(dòng)物細(xì)胞,被稱為轉(zhuǎn)染,轉(zhuǎn)染技術(shù)包括磷酸鈣法、脂質(zhì)體法和一些有專利權(quán)的商用轉(zhuǎn)染試劑。DNA也可以以病毒或病原菌為載體被帶入宿主細(xì)胞;應(yīng)用這種病毒或病菌的轉(zhuǎn)染技術(shù)于細(xì)胞時(shí),用術(shù)語來說就是“對細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)導(dǎo)(transduce)”。
多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)
多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)是一項(xiàng)用于體外復(fù)制DNA的極為通用的技術(shù)。簡而言之,PCR技術(shù)可以使單鏈DNA被復(fù)制數(shù)百萬次,也允許用事先確定好的方式對被復(fù)制的DNA序列進(jìn)行改動(dòng)。例如,PCR技術(shù)可以用于引入限制性酶切位點(diǎn),或者對特定的DNA堿基進(jìn)行突變(改變)。PCR技術(shù)還可以用于從cDNA文庫獲得特定的DNA片段,或者從另一個(gè)角度,用于判斷一個(gè)cDNA文庫中是否含有特定的DNA片段。
凝膠電泳
凝膠電泳是分子生物學(xué)最主要的一項(xiàng)技術(shù)。其基本原理是:DNA、RNA和蛋白質(zhì)可以用電場來進(jìn)行分離。在瓊脂糖凝膠電泳中,DNA和RNA可以被瓊脂糖凝膠按其分子大小進(jìn)行分離。同樣,蛋白質(zhì)可以被SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳(SDS-PAGE)按分子量大小分離;此外,蛋白質(zhì)還可以由于所帶電荷的不同被等電聚焦電泳分離。
墨點(diǎn)法
南方墨點(diǎn)法
此方法的命名源自其發(fā)明者生物學(xué)家Edwin Southern。南方墨點(diǎn)法是探測一個(gè)DNA樣品中含有特定DNA序列的方法。首先,DNA樣品為凝膠電泳所分離;然后,分離的樣品通過毛細(xì)現(xiàn)象被轉(zhuǎn)移到一張膜上,這一過程被稱為“印跡”(blotting)。帶有樣品的膜就可以用與目標(biāo)序列互補(bǔ)的標(biāo)記的DNA標(biāo)記探針來探測。最初的操作手冊大都采用放射性標(biāo)記,但現(xiàn)在非放射性標(biāo)記已開始被采用。自從PCR技術(shù)被用于檢測特定DNA序列后,Southern印跡法在實(shí)驗(yàn)室中的應(yīng)用大為減少。但此方法依然有著其他一些應(yīng)用,如用于測量轉(zhuǎn)基因鼠的轉(zhuǎn)基因拷貝數(shù),以及用于構(gòu)建基因敲除的胚胎干細(xì)胞系。
北方墨點(diǎn)法
北方墨點(diǎn)法被用于研究特定類別的RNA分子的表達(dá)模式(豐度和大小)。與南方墨點(diǎn)法相似,RNA樣品為凝膠電泳按大小分離;然后轉(zhuǎn)移到膜上,并用與目標(biāo)序列互補(bǔ)的標(biāo)記的探針來探測。實(shí)驗(yàn)結(jié)果可以根據(jù)所用探針的不同以多種方式來觀察,但大多數(shù)都顯示的是樣品中被探測的RNA條帶的相對位置,也就是分子大??;而條帶的強(qiáng)度則與樣品中目標(biāo)RNA的含量相關(guān)。這一方法可以測量目標(biāo)RNA在不同樣品中的情況,因此已經(jīng)被普遍用于研究特定基因在生物體中表達(dá)的時(shí)刻和表達(dá)量,也是這類研究中最基本的手段。
西方墨點(diǎn)法
大多數(shù)蛋白的抗體可以通過將少量的蛋白注入動(dòng)物(如鼠、兔、羊)以獲得對應(yīng)注入蛋白的抗體(多克隆抗體)或進(jìn)一步通過細(xì)胞培養(yǎng)獲得抗體(單克隆抗體)。這些抗體就可為許多分析和制備技術(shù)所使用。在西方墨點(diǎn)法中,蛋白質(zhì)首先根據(jù)分子大小用SDS-PAGE分離。然后將膠中的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移到膜(如PDVF膜、尼龍膜或其他可用的膜)上。然后將膜用含有抗體的溶液浸泡,由于抗體可以特異性地結(jié)合到目標(biāo)蛋白上,因此就可以探測膜中的目標(biāo)蛋白。同樣觀察結(jié)果的方法有很多,包括顯色產(chǎn)物、化學(xué)發(fā)光(chemiluminescence)或放射自顯影。一些與西方墨點(diǎn)法相似的方法可以用于直接對細(xì)胞和組織中的特定蛋白進(jìn)行染色,然而這些被稱為“免疫染色”的方法更多的是應(yīng)用于細(xì)胞生物學(xué)而非分子生物學(xué)。
此外,還有并不常用的“東方墨點(diǎn)法”(對雙向電泳后蛋白質(zhì)分子的印跡分析)、“西南方墨點(diǎn)法”(研究蛋白質(zhì)和DNA相互作用)和“遠(yuǎn)端西方墨點(diǎn)法”(Far Western blotting,研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用)。
值得一提的是除了南方墨點(diǎn)法的命名是來自于發(fā)明者的姓名,其他墨點(diǎn)法的命名則都是源于發(fā)明者的幽默:因?yàn)槟戏剑⊿outhern)既是墨點(diǎn)法的發(fā)明者Edwin Southern的姓,同時(shí)其英文含義為“南方”;于是隨后發(fā)明不同印跡法的研究者們紛紛將這些方法以方位命名,如Northern(“北方”),Western(“西方”)印等等。[3]
微陣列技術(shù)
微陣列也可以用除了DNA以外的分子來制作。如抗體微陣列可被用于檢測血液樣品中含有哪些蛋白質(zhì)或細(xì)菌。
過時(shí)的技術(shù)
隨著新技術(shù)和新方法的不斷出現(xiàn),舊的技術(shù)很快就被拋棄。一個(gè)很典型的例子就是DNA分子大小的測量:在(瓊脂糖/聚丙烯酰胺)凝膠電泳出現(xiàn)之前,DNA分子大小是用蔗糖密度梯度沉降法來測量的,這一方法費(fèi)時(shí)費(fèi)力而且花費(fèi)昂貴;而在梯度沉降法出現(xiàn)之前,使用的是黏度法。盡管已經(jīng)不再為人們所關(guān)注,但了解這些過時(shí)的技術(shù)可能會(huì)對解決一些特別的問題有幫助。
知名的分子生物學(xué)家
參見
- 細(xì)胞生物學(xué)(細(xì)胞的結(jié)構(gòu)和組成)
- DNA和染色體結(jié)構(gòu)
- 蛋白質(zhì)生物合成(從DNA轉(zhuǎn)錄為RNA,再從RNA翻譯成蛋白質(zhì))
- 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)
- 基因組
- 蛋白質(zhì)組
參考文獻(xiàn)
- ↑ 龍華,“分子生物學(xué)的發(fā)展”,《生物學(xué)通報(bào)》,40: 58-60,2005
- ↑ Cohen, S.N., Chang, A.C.Y., Boyer, H. & Heling, R.B. Construction of biologically functional bacterial plasmids in vitro. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 70, 3240 – 3244 (1973).
- ↑ Patricia S. Thomas, Hybridization of Denatured RNA and Small DNA Fragments Transferred to Nitrocellulose PNAS 1980; 77: 5201-5205 PNAS
擴(kuò)展閱讀
- Keith Roberts, Martin Raff, Bruce Alberts, Peter Walter, Julian Lewis and Alexander Johnson, Molecular Biology of the Cell
- 4th Edition, Routledge, March, 2002, hardcover, 1616 pages, 7.6 pounds, ISBN 0-8153-3218-1
- 3rd Edition, Garland, 1994, ISBN 0-8153-1620-8
- 2nd Edition, Garland, 1989, ISBN 0-8240-3695-6
- Rodgers, M. The Pandora's box congress. Rolling Stone 189, 37 – 77 (1975).
外部連結(jié)
- Frederick Sanger Freeview Video Interview/Documentary by the Vega Science Trust.
- Max Perutz Freeview Video interview with Max Perutz by the Vega Science Trust.
- Christiane Nüsslein-Volhard Freeview interview by the Vega Science Trust.
- The Collection of Biostatistics Research Archive
- Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology
- The International Journal of Biostatistics
- The International Journal of Biological Sciences
- Institute of Molecular and Cell Biology
- Nature Reviews Molecular Cell Biology
- Stanford Encyclopedia of Philosophy entry
- The Virtual Library of Biochemistry and Cell Biology
- A brief history of molecular biology
- A Monk's Flourishing Garden: the Basics of Molecular Biology Explained - a review from the Science Creative Quarterly
- The Molecular Biology Gateway
- Scientific American Magazine (April 2004 Issue) Evolution Encoded
- National Center for Biotechnology Information
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參考來源
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